Capillas de la catedral
1. CAPILLA DE LOS REYES
Está organizada como un gran retablo barroco con decoración rococó. En el centro hay un relieve de la Adoración de los Reyes (siglo XVII), de Juan Bazcardo, autor también del relieve de San Jerónimo, colocado en el cascarón. El resto de las imágenes son coetanias al retablo.
Obra de Manuel Adán y Julián Martínez, con trazas del carmelita José de San Juan de la Cruz.
2. CAPILLA DE SAN JUAN BAUTISTA
En ella encontramos un retablo churrigueresco con imagen renacentista del titular, San Juan Bautista, y un lienzo del Bautismo de Cristo de estilo barroco.
3. CAPILLA BAUTISMAL
En su interior, se encuentra una gran pila bautismal de estilo Reyes Católicos (siglo XVI), octogonal, gallonada, con decoración alegórica en los frentes. Se considera que ocupa el lugar exacto del martirio de los Santos.
Se cierra con una reja renacentista de mediados del siglo XVI.
4. CAPILLA DE LA VISTACIÓN
Retablo de 1520 con tablas hispanoflamencas que representan escenas de la Pasión de Cristo en el banco y escenas de la vida de San Juan Bautista en el cuerpo. En el ático está representado el Salvador. Las puertas tienen pinturas del taller de Andrés de Melgar (1540).
Al altar se le ha adosado el frontal rococó de plata repujada del antiguo altar mayor con relieves, entre otros, de la Asunción y los Santos Emeterio y Celedonio.
5. CAPILLA DEL NIÑO JESÚS
Sobresale el retablo barroco, ejemplo del estilo de Diego de Camporredondo.
6. CAPILLA DEL ESPÍRITU SANTO
Retablo romanista con un gran lienzo titular de Pentecostés.
En la bóveda se representa Pentecostés y en los muros la Transfiguración y el Bautismo de Cristo. Obras barrocas de Francisco Plano.
La reja de hierro es barroca del siglo XVIII.
7. CAPILLA DE LA VIRGEN DEL PILAR
Retablo barroco dedicado a la Virgen del Pilar con imágenes rococós de Juan Félix de Camporredondo.
Los frescos ilusionistas y las fachadas de los muros son barrocos, de Francisco del Plano.
Reja de hierro barroca de comienzos del siglo XVIII.
8. CAPILLA DE LOS SANTOS MÁRTIRES
Decorada con pinturas de José Vejés sobre los Santos y su devoción.
El retablo es rococó, y en el centro se muestra la Decapitación de los Santos, obra de Manuel Romero.
La capilla se cierra con una solemne reja del siglo XVIII.
9. CAPILLA DEL CRISTO DE LA PELOTA
Retablo barroco, según trazas de Diego Camporredondo, para un Cristo procedente de un Descendimiento gótico del siglo XIV.
Una reja renacentista remata la capilla.
Cuenta la leyenda que este Cristo se habría desclavado para señalar al autor de un asesinato cometido durante un partido de pelota.
10. CAPILLA DE SAN JOSÉ
Retablo rococó con imagen titular de San José, atribuida a José Ramírez de Arellano y donada por Mortela.
11. CAPILLA DE LA INMACULADA
Retablo barroco de Jacinto Echeverría con imagen titular de la Inmaculada, de taller madrileño.
El resto de las esculturas son de Juan Tornés.
Ante la capilla está enterrado el arcediano Juan Miguel Mortela, gran mecenas de la catedral entre 1724 y 1774.
12. CAPILLA DE SANTA ANA
Retablo barroco con imagen titular de la Santa Generación.
En esta capilla se encuentra, provisionalmente, el Cristo de la Agonía de Juan Bazcardo, manierista de comienzos del siglo XVII.
13. CAPILLA DE SAN PEDRO
Retablo de alabastro con su decoración original de comienzos del siglo XVI, de estilo plateresco.
Se cierra con una reja con elementos góticos y renacentistas de 1525.
14. CAPILLA DE SANTA LUCÍA
Retablo rococó de Manuel Adán con imagen de Santa Lucía del siglo XVI.
La reja de madera clasicista del carmelita hermano Juan completa la capilla.
15. CAPILLA DEL ROSARIO
Capilla construida por los hermanos Raón.
El retablo rococó es de Joaquín Villanova y las imágenes son de escuela madrileña.
16. RETABLO DEL ALTAR MAYOR
Elaborado en 1904, repite la estructura y escenas del retablo original, destruido por un incendio en el año 1900.
Es obra de Carlos Laguna y Francisco Borja.
Urnas relicarios: Bajo el altar mayor, se exponen las reliquias de los mártires Emeterio y Celedonio. Son dos arquetas gemelas, platerescas en plata dorada, que llevan sobre la tapa el busto policromado de cada uno de los santos.
Realizada por Francisco de Soria y Pedro Vélez en 1513.
17. EL CORO
Situado en bajo desde 1614, ocupa los dos primeros tramos de la nave central y está cerrado por una reja manierista de hierro de Pedro Lazcano. La sillería es de roble, obra de Guillén de Holanda y Natuera Borgoñón, elaborada en el siglo XVI.
El conjunto se completa con tres puertas que representan las Virtudes.
El ógano: Situado sobre el coro, el instrumento actual es de Juan Roqués. La caja neoclásica la doró en 1756 José de Goya, padre del pintor Francisco de Goya.
18. LA SACRISTÍA
Se construye bajo la dirección de Juan Miguel Mortela en el siglo XVIII. En sus muros encontramos numerosas pinturas, entre ellas una "Decapitación de los Santos" del taller de Guido Reni o una "Inmaculada", obra de Vejés. Las pinturas ilusionistas de las bóvedas son de Felipe del Plano (1737).
En la parte baja se encuentra la cajonería de nogal sobre la que descansa un zócalo rococó de espejos que le dan un aire cortesano.
En la sacristía se exponen algunas piezas de interés como la custodia gótica de "El Ciprés", donada por Enrique IV o la custodia rococó de "El Ángel". Destacan algunos ropajes litúrgicos y documentos como la Biblia Sacra en pergamino del siglo XII o el fragmento de una Torah Hebrea del siglo XV.
19. EL CLAUSTRO
Las obras, realizadas por Juan y Martín de Olave, comienzan en 1453 pero se abandonan por las crecidas del río Cidacos en 1549. Sólo se llega a construir la parte adosada al templo, de estilo gótico-renacentista.
En 1975 se restaura y completa la galería sur, convertida actualmente en Museo Diocesano.